Le séquençage de l'ADN passe au très haut débit
Plus performant, plus rapide, moins coûteux, un nouvel équipement de Gustave Roussy va décupler les capacités des médecins et des chercheurs à décrypter les anomalies à l'origine des cancers.
L'ADN est une molécule présente au cœur de chacune de nos cellules. Elle forme un texte de 3 milliards de caractères dont l'information préside au fonctionnement de nos organes et de notre corps. Séquencer l'ADN, c'est donc utiliser une machine qui va lire, lettre par lettre, ce texte. Des programmes informatiques permettent ensuite de reformer les mots, les phrases, les chapitres de ce texte. Chercheurs et médecins peuvent alors en déchiffrer le sens. Le sens du texte "normal" et le sens des fautes de frappe qui peuvent y apparaître et provoquer les cancers.
Pourquoi un nouveau séquenceur ?
"La génétique occupe une place de plus en plus importante en cancérologie. On peut rechercher, chez une personne en bonne santé, des mutations de l'ADN qui la prédisposent à développer certains cancers. Pour des malades, on peut rechercher les caractéristiques moléculaires de leur tumeur et leur proposer des traitements personnalisés", explique le Dr Ludovic Lacroix, responsable de l'équipe de Biopathologie moléculaire.
Côté laboratoire, aucun projet de recherche ne peut se passer de la génétique. Les scientifiques ont donc besoin de connaissances précises et exhaustives sur le génome des patients, des tumeurs ou de cellules et organismes modèles. "Cette année, pour la première fois, nous avons une file d'attente en séquençage, nous ne pouvons pas traiter toutes les demandes aussi vite que nécessaire", explique Nathalie Droin, responsable de la plateforme de génomique.
Deux fois plus d'échantillons traités deux fois plus rapidement
Le premier séquençage du génome humain entier a été une aventure de 12 ans, entre 1990 et 2003. Aujourd'hui, sur le séquenceur utilisé à Gustave Roussy, la même opération prend 10 jours, et peut être réalisée sur 48 échantillons en parallèle. Mais le nouveau séquenceur attendu au printemps traitera deux fois plus d'échantillons en deux fois moins de temps ! "Nous pourrons mieux répondre à la demande et développer de nouvelles applications, comme l'étude de la méthylation de l'ADN, qui modifie l'expression des gènes et suscite beaucoup d'intérêt", se réjouit Nathalie Droin.
En chiffres
- 1 500 patients bénéficient d'un portrait moléculaire de leur tumeur chaque année.
- Le nouveau séquenceur pourra générer 1,5 Tbases (1 500 milliards de bases) en 7 jours.