Plateforme de génomique fondamentale
La plateforme de Génomique de l’US AMMICa (INSERM US23 / CNRS UMS3655) de Gustave Roussy a pour mission de caractériser les cancers et les modèles expérimentaux grâce à des approches de génomique innovantes.
En 2011, la plateforme de génomique a mis en place un module de séquençage à haut débit basé sur la technologie d’Illumina (HiSeq 2000 remplacé par un NovaSeq 6000 en 2017, MiSeq et MiniSeq) et tous les équipements nécessaires qui entourent ces séquenceurs (robots pour les préparations pré-analytiques et des serveurs).
L’analyse de l’ADN des cellules tumorales en le comparant à celui des cellules normales pour détecter les anomalies génétiques en utilisant des techniques de WES et WGS sera externalisée dans la mesure du possible afin de favoriser l’utilisation de technologies plus innovantes.
En 2019, un module pour l’étude à l’échelle unicellulaire a été mis en place grâce à l'acquisition d’un Chromium™ Controller de 10X Genomics. Cette technologie s'est avérée être un outil puissant pour découvrir au sein des tumeurs de nouvelles populations de cellules rares, pour caractériser les changements de l'expression génique dans les divers types cellulaires, ou pour découvrir des réponses transcriptionnelles subtiles dans des cellules sélectionnées parmi une population hétérogène. Ces données rendant compte de l’hétérogénéité tumorale visent à mieux comprendre les mécanismes de progression des tumeurs, rechercher des nouvelles cibles thérapeutiques et guider le choix des traitements.
En 2021, la plateforme a fait l’acquisition des deux instruments suivants :
- Tapestri (Mission Bio), pour étudier à l’échelle unicellulaire (sur cellules ou sur noyaux) les mutations et variations du nombre de copies (CNV) (design minimum 20 amplicons et maximum 1000 amplicons de 300 bp) à partir de tissus frais ou congelés.
- PromethION 48 (Oxford Nanopore) qui permet le séquençage des ultra-longs fragments. A partir de cellules individuelles, le séquençage des grands fragments permettra d’identifier les transcrits chimériques et les mutations somatiques ainsi que de déterminer les isoformes exprimées. Cet instrument permettra également, grâce au séquençage direct, de détecter les modifications épigénétiques telle que la méthylation des acides nucléiques.
La plateforme de génomique assure une veille technologique afin de mettre en place des outils innovants pour les analyses de l’épigénétique et de la cellule unique.
Prestations proposées
La plateforme de génomique propose :
- une définition du design expérimental et une aide à l’optimisation des projets
- des conseils pour la structuration et la mise en place des projets
- un accompagnement pour la préparation des échantillons et contrôle qualité
- une mise à disposition de Nanodrop, Bioanalyseur, appareil de PCR quantitative, Covaris S220
- du séquençage à haut débit (NovaSeq6000 & MiSeq Illumina) (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Cut&Tag, …)
- du single-cell RNA-Seq : en utilisant des cellules : 3’ scRNA-Seq, 5’ scRNA-Seq + TCR +/- BCR, 5’ scRNA-Seq + TCR + CITE-seq
- ou en utilisant des noyaux : 3’ scRNA-Seq, scATACseq, 3’ scRNAseq + scATACseq
