Activités de la plateforme Cellules Circulantes Rares (CCR)
La plateforme est spécialisée dans l’analyse moléculaire d’éléments cellulaires sanguins rares comme les cellules tumorales circulantes (CTC) et les cellules/progéniteurs endothéliaux circulants (CEC/CEP), utilisés comme bio-marqueurs dans le cadre d’essais thérapeutiques.
Compétences et expertises
La plateforme a développé des technologies innovantes de détection de bio-marqueurs en microscopie, FACS (fluorescence activated cell sorting), et d’analyse moléculaire par FISH et séquençage de cellule unique (séquençage ciblé, séquençage de l’exome). Ces technologies sont utilisées pour étudier l’activité de médicaments, prédire la sensibilité ou la résistance aux traitements. La plateforme développe en parallèle des projets propres comme la caractérisation fonctionnelle des CTC par le développement de modèles de xénogreffes tumorales. La plateforme est partenaire de consortiums européens qui visent à valider et standardiser les technologies d’analyse de la biopsie liquide (CTC, ctDNA).
Prestations proposées et développements
- Enrichissement et détection de CTC et cellules rares (systèmes CellSearch, Siemens, ISET, VyCAP, Microtech, Screencell)
- Caractérisation phénotypique de CTC et cellules rares par immunohistochime et marquages fluorescents
- Isolement de CTC unique et autres cellules rares (FACS, Puncher, DEPArray, microdissection laser)
- Amplification génique de CTC unique et autres cellules rares
- Analyses FISH de CTC et tumeurs
- Analyse d’image semi-automatisée de marquage fluorescents de CTC et tumeurs
- Analyse d’image semi-automatisée de FISH sur CTC et tumeurs
- Séquençage de CTC uniques, ADN tumoral circulant et tumeur
- Analyse de mutations sur cellules uniques avec un panel « cancer » commercialisé (50 gènes) et des panels « cancer » développés à façon.
- Séquençage Low-pass whole genome sur cellules uniques pour détecter des altérations du nombre de copies.
- Réalisation de portraits moléculaires dans le cadre de la médecine personnalisée
- Whole exome sequencing (WES), RNA sequencing
- Pipeline bioinformatique d’analyse des données de WES, séquençage ciblé et Low-pass whole genome de cellules uniques-contrôle de qualité (ADO, PPV, FPR)
- Développement de modèles murins à partir de CTC
- Culture de cellules tumorales dans le modèle de la membrane chorioallantoïque (CAM) de l’embryon de poulet
- Test de l’activité métastatique dans le modèle CAM
- Test de drogues dans le modèle CAM
Détection du réarrangement de gène ALK dans des CTC de cancer du poumon non à petites cellules (Pailler et al, J Clin Oncol 2013, Pailler et al, Cancer Res 2017)
