Nos experts témoignent
Marc Deloger
pionnier de la bio-informatique au service du progrès en cancérologie
A la croisée de la biologie, de l’informatique et des mathématiques, la bio-informatique est une discipline née dans les années 2000. "Notre domaine peut aussi bien être utilisé dans la recherche théorique qu’appliquée" explique Marc Deloger, arrivé à Gustave Roussy il y a dix ans comme post-doctorant au sein de la plateforme de bio-informatique. Il en est devenu le responsable en janvier 2020.
Une triple activité au bénéfice des patients
La plateforme de bio-informatique a trois missions principales :
- L’analyse de données de séquençage (ADN, ARN, profil génétique des tumeurs des patients).
- La structuration et la valorisation des données des patients de Gustave Roussy.
- La formation, l’enseignement et l’aide aux chercheurs et cliniciens, doctorants… pour répondre rapidement et efficacement à leurs questions en utilisant la puissance des outils informatiques et ainsi accélérer la recherche.
Marc Deloger pilote ces missions en intervenant dans l’hôpital et les unités de recherche. Il apprécie particulièrement "pouvoir générer de nouvelles connaissances en interagissant avec des chercheurs et d’autres professionnels, sur différents types de tumeurs, avec des problématiques variées".
Une plateforme ultra-performante
La plateforme, c’est d’abord un gigantesque serveur dans une salle climatisée. "Grâce à notre mécène, Dell, nous avons accès à une technologie de pointe performante. C’est essentiel car, depuis trois ans, les demandes d’analyse progressent de 20 % par an".
Sept ingénieurs (analystes, data managers et développeurs) travaillent à la plateforme. "Les équipes de recherche recrutent leurs propres bio-informaticiens : doctorants, post-doctorants, stagiaires, ingénieurs… Notre rôle consiste à créer une véritable communauté bio-informatique pour que les gens ne travaillent pas chacun de leur côté et profitent des compétences dispersées dans Gustave Roussy".
Polyvalence et adaptabilité
Chaque semaine, Marc Deloger passe en revue les projets en cours et les points de blocage potentiels. Il répond aux sollicitations diverses de la direction, des chercheurs et des membres de la communauté bioinformatique : "Les demandes de financement posent la question des données : où les stocker ? Comment ? Qui y aura accès ?".
Le responsable apprécie "rester dans la technique, car dans notre domaine très innovant, tous les six mois, une nouvelle technologie arrive et nécessite de s’y adapter".
Marc Deloger est co-responsable du programme médico-scientifique Data Science qui vise à "faire en sorte que Gustave Roussy puisse structurer des données de patients de haute qualité pour qu’elles soient prêtes à l’utilisation pour de nouvelles activités d’analyse de données comme l’intelligence artificielle".
Data en santé : une mine d’or à exploiter
Avec plus de 400 000 patients accueillis depuis 20 ans, Gustave Roussy, le plus gros centre recruteur en essais cliniques, génère de très nombreuses données. Chaque département ayant ses propres bases de données, l’équipe de bio-informatique a créé cette année des connecteurs entre les systèmes, permettant de requêter plus facilement via un portail unique.
Son défi est également celui de l’interopérabilité des systèmes de données à l’échelle nationale dans le cadre d’Unicancer, du Paris-Saclay Cancer Cluster, et au niveau européen avec Cancer Core Europe. "L’objectif est de coordonner les efforts des plus grands centres anti-cancer pour créer un portail commun permettant de monter facilement des essais multicentriques".
Un domaine d’avenir
Bio-informaticien est sans conteste une profession d’avenir. "Chaque année, davantage de biologistes se forment avec nous à l’analyse de données : cela permet de publier plus facilement et d’avoir des financements. Déceler une mutation fréquente peut être le signe d’un nouveau biomarqueur ou d’une nouvelle cible. Notre activité contribue ainsi à accélérer la recherche".