Microscopie - Equipements
Microscope Confocal SP8 (Leica)
Le système en configuration inversée est équipé de 4 lasers couvrant les longueurs d'onde d'excitation 405, 488, 561, et 638nm. Les signaux de fluorescence sont recueillis sur 2 détecteurs PMT et 2 détecteurs HyD haute sensibilité. Une chambre thermostatée et régulée en CO2 ainsi qu'une platine motorisée sont est installées sur le microscope pour les études cinétiques et les acquisitions XYZT. Ce microscope est adapté pour l’imagerie confocale, champ-large et/ou multi positions.
Objectifs : HC PL FLUOTAR 5x/0.15, HC PL APO 10x/0.40 CS, HC PL APO 20x/0.75, CS2HC Fluotar L 25x/0.95W VISIR, HC PL APO 40x/1.30 Oil CS2, HC PL APO 63x/1.40 OIL CS2
Microscope Confocal SPE (Leica)
Le système en configuration inversée est équipé de 4 lasers dans le domaine du ‘’visible’’ couvrant les longueurs d'onde d'excitation 405, 488, 533, et 635nm. Les signaux de fluorescence sont recueillis entre 410nm et 850n. L'instrument doté d'un détecteur unique procède par acquisitions séquencées. Le microscope est équipé d’une chambre thermostatée et régulée en CO2 pour les études cinétiques en temps réel et les acquisitions 4D.
Microscope Multiphoton SP8 (Leica)
Spécifiquement dédié à l’imagerie du vivant et à l’imagerie d’échantillons épais, ce système inversé propose une configuration mixte confocale et multiphoton. Il est équipé de 2 détecteurs internes spectraux, 2 détecteurs hybrides internes haute sensibilité, et de 4 détecteurs externes non descannés. En configuration confocale l’illumination est réalisée avec 4 lasers solides (405, 488, 552 et 638nm) et en version multiphoton avec le laser Mai-Tai HP DS accordable de 690 à 1040 nm (Spectra Physics). L’instrument comprend également un scanner résonnant pour les acquisitions haute vitesse, une platine motorisée pour l’imagerie champ large et/ou multi-positions, et un Viewer 3D.
Objectifs : HC PL FLUOTAR 5x/0.15, HC PL APO 10x/0.40 CS, HC PL APO 20x/0.75, CS2HC Fluotar L 25x/0.95 W VISIR, HC PL APO 40x/1.30 Oil CS2, HC PL APO 63x/1.40 OIL CS2
Microscope Spinning disk (Gataca sur base OlympusIX83)
Ce microscope inversé équipé d'une tête spinning Yokogawa-CSU W1, est parfaitement adapté aux cinétiques longues durées.Doté d’une enceinte thermo-régulée, CO2 contrôlée et d'une platine motorisée, il offre les conditions optimales pour l'imagerie dynamique cellulaire et sub-cellulaire. Les sources d'excitation lasers couvrent le spectre allant de l'UV au rouge lointain (405nm, 488nm, 561nm, 642nm). L'acquisition d'images est réalisée via 1 caméra sCMOS Zyla (efficacité quantique de 82%, pixel 6,45x6,45 μm). Ce système est piloté par le logiciel Metamorph, offrant de nombreuses possibilités de configuration d'acquisition.
Microscope Spinning disk - Live SR (Gataca sur base Nikon Eclipse Ti2 )
Ce microscope inversé, équipé d'une tête spinning Yokogawa-CSU W1, est parfaitement adapté aux cinétiques longues durées. Doté d’une enceinte thermo-régulée et CO2 contrôlé et d'une platine motorisée, il offre les conditions optimales pour l'imagerie dynamique cellulaire et sub-cellulaire. Les sources d'excitation lasers couvrent le spectre allant de l'UV au rouge lointain (405nm, 445nm, 488nm, 515nm, 561nm, 642nm). L'acquisition d'images est réalisée via 2 caméras: Orca Flash4 sCMOS (efficacité quantique de 85%, taille pixel 6,45x6,45 μm) et Prime 95B sCMOS (efficacité quantique de 95% , pixel 11x11 μm). Le système est équipé d’un module de super résolution (Live-SR) qui améliore la résolution optique d'un facteur 1,7 . Les options TIRF, FRAP et FRET peuvent également être combinées. Le système iLas Modular permet le contrôle complet de la source laser d’illumination et de combiner : TIRF 360° ; FRAP ; photo-activation et photo-ablation. Le microscope est piloté par le logiciel Metamorph 7, offrant de nombreuses possibilités de configuration d'acquisition.
Microscope plein-champ (Olympus/Microvision)
Ce microscope en configuration droite entièrement motorisé (Provis Olympus) est dédié à la cartographie de coupes histologiques colorées ou de tout échantillon marqué par des fluorophores. L’acquisition de champ unique en stack d’images et/ou en multicouleurs est également possible. Le système est équipé d’une platine motorisée et de 7 objectifs (du 4x au 100x) ainsi que de deux caméras (caméra couleur Sony XCD-U100CR, et caméra N&B Hamamatsu ORCA-ER). Les logiciels d’acquisition et de traitement d’images Histolab et Archimed, (Microvision) permettent d’effectuer en temps réel, à l’acquisition, diverses mesures sur tissus ou cellules : médiane, surface, densité coloration, comptage et les analyses statistiques correspondantes.
Macroscope fluorescence AZ100 (Nikon)
Très flexible, ce macroscope permet les analyses en fluorescence et trans-illumination sur petit rongeurs, embryons, modèles marins, plantes, oeufs, explants tissulaires, coupes histologiques et cellules en culture. Il couvre des champs de vue de 0,042 à 1,4 cm de diamètre grâce à ses trois objectifs et ses huit niveaux de zoom/objectif. Les images grands champs obtenues permettent également l’imagerie en fond clair ou en fluorescence. Ce macroscope est équipé d’une source halogène pour la fluorescence et de filtres optiques permettant l’analyse de la fluorescence de 521 à 615nm en émission (excitation de 495 à 596 nm). Les analyses cinétiques et multiplans sont également possibles sur cet instrument, via le logiciel NIS Element.
Vidéo-microscope DMi8 (Leica)
Ce microscope inversé entièrement motorisé avec système automatique de maintien de Focus, épifluorescence et DIC motorisé permet l’acquisition d’images sur tout échantillon fixé ou non, marqué ou non par des fluorophores. Equipé d’une platine motorisée et d’une chambre thermostatée régulée en CO2, ce microscope est particulièrement adapté pour les cinétiques automatisées multicouleurs de champs uniques ou multiples. L'équipement optique comporte une source d'illumination LED, des filtres pou fluorescence DAPI, GFP et TRITC-CY5 et un jeu d'objectifs permettant de répondre à la majorité des applications de vidéomicroscopie: • Objectifs à sec : 5x, 10x, 20x (DIC) • Objectifs à huile : 40x (DIC), 63x (DIC) Ce microscope est doté d'Inserts multiples pour lames, boites et plaques multipuits.
Stations de traitement d’images et logiciels
ImageJ & FIJI
Logiciels du domaine public libres de droits.
Leur ouverture, leur communauté active et la richesse de leurs plugins permettent des traitements d’images les plus avancés et ce dans de nombreux domaines avec ces 2 logiciels. Leur architecture logiciel ouverte intègre de nombreux plugins et offre des possibilités de scripts.
Par rapport à d’autres logiciels disponibles sur la PF, comme Imaris ou Volocity, ImageJ ou Fidji ne sont pas aussi efficaces pour les rendus 3D. Néanmoins, ils se imposés comme logiciels ouverts et demeurent des outils de choix pour l’analyse d’images en sciences du vivant.
Quelques applications et leurs plugins pour exemple :
- Colocalisation: quantification de la colocalisation de structures sur différents canaux fluorescents (plugins: JACoP, Colocalization);
- Cytométrie: extraction des cellules, ou des composants nucléaires, en 2D ou 3D (plugins: TrakEM2, Image-based Tool for Counting Nuclei);
- Segmentation couleur: segmentation basée sur la couleur (plugins: Threshold Colour, Color Segmentation, Color Inspector 3D);
- Tracé de neurone: reconstitution de la morphologie neuronale (plugins: NeuronJ, NeuriteTracer);
- Grouper plusieurs stacks entre eux : utile principalement en imagerie de cellules vivantes (plugin : concatenate)
Imaris
Imaris est un logiciel propriétaire, édité par la société Bitplane. Spécialisé dans l’affichage 3D/4D, multicanaux, il permet de visualiser, de reconstruire en 3 D volumique et surfacique. Il permet également l’analyse quantitative d’images 3D.
Volocity
Logiciel propriétaire, édité par Perkin Elmer. Développé spécifiquement pour la recherche en sciences de la vie, le logiciel permet de visualiser, d’explorer et surtout d’analyser quantitativement des images 2D et 3D/4D multicanaux. Il comporte également un module de déconvolution adapté aux microscopes confocaux et plein champs.Il permet de travailler facilement en batch.
Huygens
Huygens est logiciel propriétaire, édité par SVI, dédié à la déconvolution. La déconvolution permet de déflouter et débruiter des images à partir des caractéristiques optiques et physiques du microscope et des échantillons.
La plate-forme dispose du module destiné à la microscopie confocale. L’association des logiciels LASX, Huygens et les détecteurs hybrides du SP8 permettent l’HyVolution : un gain en résolution et dynamique des images acquises au confocal SP8.
ARIVIS Vision4D
Vision4D logiciel propriétaire, édité par Arivis, qui permet l’ouverture de fichiers volumineux.
Il s’agît d’un viewer qui permet de travailler avec des images 2D,3D-4D, multicanaux de tailles pratiquement illimitées et ce indépendamment de la RAM du poste de travail. La fonction WebView permet de partager facilement les images via l’intranet, à partir d’un navigateur web.
ICY
ICY est un logiciel libre de droit pour le traitement et l'analyse d'images 2D, 3D-4D, multicanaux, qui intègre nativement ImageJ et repose sur une plate-forme web d’extensions. Il possède un grand nombre de plugin/extensions qui permettent des analyses très pointues. De plus, il bénéficie d’une interface graphique intuitive qui facilite les possibilités de réaliser des macros/protocoles d’analyse et traitement d’images.
Jamovi
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