EXOCare (EXOme Cancers Rares de l'Enfant) est une étude prospective, portant sur des enfants ayant développé un cancer combiné à un retard de développement et/ou une déficience intellectuelle avant l’âge de 18 ans. L’objectif principal est d’identifier chez les enfants atteints, de nouvelles mutations et de nouveaux gènes impliqués dans la prédisposition aux cancers pédiatriques associés à des retards de développement par séquençage de l’exome constitutionnel. Il s’agit d’un essai multicentrique ouvert dans 28 centres en France qui prévoit d’inclure 100 trios (le patient et ses 2 parents) sur une période d’inclusion de 27 mois. Les patients éligibles pour cette étude seront identifiés soit par le protocole « Tumeur et développement » soit au cours des consultations d’oncogénétiques.

Pour faire partie de l’étude, les patients devront remplir les critères d’inclusion suivant :

• Patient ayant eu, avant l’âge de 18 ans, un diagnostic de cancer associé à un retard du développement psychomoteur et/ou une déficience intellectuelle, et suivi dans l’un des centres de la SFCE.
•  Au moins un parent encore en vie et disponible pour effectuer des analyses génétiques
• Formulaires de consentement éclairé signés par les parents (si mineurs) ou le patient (si majeur)

Il n’est pas forcément nécessaire que le patient ait bénéficié d’analyse génétique antérieure à l’inclusion Si une prédisposition génétique est déjà identifiée chez l’enfant et connue pour son association retard du développement et/ou cancer, ou que le retard de développement psychomoteur et/ou déficience intellectuelle déjà expliqué, le patient n’est pas incluable.

Les analyses seront réalisées en trio par analyse et comparaison de l’exome constitutionnel (WES, Whole Exome Sequencing) chez le patient et ses 2 parents, à la recherche de mutation de novo présente chez l’enfant et absente du génome de ses parents. Les analyses prendront en compte le mode de transmission, la fréquence des variants identifiés dans la population, leurs scores de prédiction pathogénicité et leur récurrence dans les différents échantillons afin de filtrer et prioriser les variants identifiés.   Si la tumeur est disponible, une perte d’hétérozygotie ciblant l’un des gènes candidats de l’analyse par trio pourra être recherchée.

Seule la mise en évidence d’une variation délétère dans un gène connu pour expliquer la survenue du cancer ou le retard de développement et/ou déficience intellectuelle sera rendue à l’oncogénéticien et à l’oncopédiatre en charge de l’enfant. L’oncogénéticien pourra alors restituer les résultats génétiques à l’enfant et à ses parents lors d’une consultation d’oncogénétique afin d’expliquer la signification de la mutation identifiée et de proposer le conseil génétique adapté. Les variations délétères dans un gène inconnu, ne seront pas rendues aux patients. Elles seront discutées en réunion de recherche et nécessiteront des études complémentaires pour établir leur caractère pathogène.