Covid-19 News | 30 mars 2020

Synthèse d'actualités scientifiques liées au COVID-19, réalisée par des experts de Gustave Roussy.

Thérapeutique
Hydroxychloroquine-Azithromycin and COVID-19

Source : Prépublication IHU Méditerranée – 27 mars 2020

Effet clinique et microbiologique d'une combinaison d'hydroxychloroquine et de l'azithromycine chez 80 patients Covid-19 avec un suivi d'au moins six jours : une étude observationnelle.

Abstract - Nous avons besoin d'un traitement efficace pour guérir les patients Covid-19 et réduire la durée de portage du virus. Chez 80 patients hospitalisés recevant une combinaison d'hydroxychloroquine et d'azithromycine, nous avons noté une amélioration clinique chez tous les patients sauf un patient, âgé de 86 ans, décédé et un patient, âgé de 74 ans, toujours en unité de soins intensifs. Une chute rapide de la charge virale nasopharyngée testée par qPCR a été notée, avec 83 % de négatifs à J7 et 93 % à J8. Les cultures virales des échantillons respiratoires des patients étaient négatives chez 97,5 % des patients à J5. Cela a permis aux patients de sortir rapidement des services hautement contagieux, avec une durée moyenne de séjour de cinq jours. Nous pensons que d'autres équipes devraient évaluer d'urgence cette stratégie thérapeutique rentable, à la fois pour éviter la propagation de la maladie et pour traiter les patients le plus tôt possible avant que des complications respiratoires irréversibles graves ne se manifestent.

Prévention
Ne pas porter de masques est une grosse erreur

George Gao, Directeur général - Chinese Center for Disease Control and Prevention
Source – Science - 27 mars 2020

La grande erreur aux États-Unis et en Europe est que les gens ne portent pas de masques pour se protéger contre le coronavirus. Ce virus est transmis par des gouttelettes et un contact étroit. Les gouttelettes jouent un rôle très important - vous devez porter un masque, car lorsque vous parlez, il y a toujours des gouttelettes qui sortent de votre bouche. De nombreuses personnes ont des infections asymptomatiques ou présymptomatiques. S'ils portent des masques faciaux, cela peut empêcher les gouttelettes qui transportent le virus de s'échapper et d'infecter les autres.

Gustave Roussy précurseur pour ses patients et ses personnels :
poste de contrôle (filtrages, masques et gel)

Pourquoi nous devons tous porter des masques

Source : medium.com - Sui Huang (University of Zurich) - 27 mars

Aux États-Unis (et dans d'autres pays occidentaux), la recommandation officielle selon laquelle le public ne devrait pas porter de masques faciaux était motivée par la nécessité de conserver les masques respiratoires pour les travailleurs de la santé. Il n'y a aucun support scientifique pour affirmer que les masques portés par des non-professionnels ne sont « pas efficaces ». Au contraire, compte tenu de l'objectif déclaré « d'aplatir la courbe », toute réduction supplémentaire, même partielle, de la transmission serait la bienvenue - même celle offerte par les simples masques chirurgicaux ou les masques faits maison (bricolage), ce qui n'aggraverait pas le problème d'approvisionnement).

Les dernières découvertes biologiques sur l'entrée virale du Sars-Cov-2 dans les tissus humains et la balistique des éternuements / toux-gouttelettes suggèrent que le principal mécanisme de transmission n'est pas via les aérosols fins mais les grosses gouttelettes et, par conséquent, justifie le port du masque chirurgical par tout le monde.

La course pour trouver les traitements s'accélère

Source : Science – 27 mars 2020

Stratégies de traitement sur les différentes étapes du cycle de réplication des coronavirus.

Les virus et les vaccins
Bienvenue dans la virosphère

Source : New York Times - 24 mars 2020 - Résumé d’après Alexandre Bobard

Les virus ont été découverts à la fin du 19e siècle. Infectant les hommes, plantes, animaux, bactéries, champignons, ils forment une classe à part entière dans la nature. Ils ont des génomes de petite taille, minuscules par rapport aux cellules humaines : 30 000 paires de bases d’ADN pour Covid-19 par rapport à 3 milliards chez l’Homme. C’est un génome 100 000 fois plus petit, avec généralement seulement quelques dizaines de gènes, mais suffisant pour impacter largement l’économie mondiale. Sars-CoV-2 (Covid-19) est de la même espèce que Sars-CoV (SRAS). Les génomes sont très similaires : même nombre/type de gènes mais les séquences d’ADN sont légèrement différentes. Si un vaccin efficace contre le SRAS avait été développé depuis la crise de 2003, la recherche actuelle sur Covid-19 en aurait très largement profité. Il aurait pu être un game changer par rapport à la situation actuelle. Quelques chiffres :

• On estime entre des millions à des milliards, le nombre d’espèces de virus sur Terre
• Quelques centaines de milliers seulement sont caractérisés
• 6 828 sont nommés actuellement. Il s’agit d’un travail immense. Les exemples précédents remontent à Linné au 18e siècle (classifications animales et végétales), aux entomologistes (380 000 espèces pour le seul scarabée). La génomique va aider à les classifier, mais leur capacité à échanger des gènes complique la tâche. Le Yaravirus par exemple est inclassable avec ses 68 gènes inconnus sur 74 au total.
• Les 250 espèces de virus infectant l’Homme sont les mieux connus.
• On estime à 100 000 le nombre de virus infectant des bactéries, ce sont nos futurs antibiotiques. Il est crucial de bien connaître le mode de fonctionnement des virus non pathogènes pour mettre en place des stratégies efficaces contre les virus et bactéries très dangereuses. Cela nécessitera un travail collaboratif et des investissements en amont jamais vus auparavant.

Origine et évolution continue du Sars-CoV-2

Source : National Science Rewiew – 3 mars 2020 – Abstract

Nous avons étudié l'étendue de la divergence moléculaire entre le Sars-CoV-2 et d'autres coronavirus apparentés. Bien que nous n'ayons trouvé qu'une variabilité de 4 % des nucléotides génomiques entre le Sars-CoV-2 et un coronavirus lié au SRAS des chauves-souris (SARSr-CoV; RaTG13), la différence aux sites neutres était de 17 %, ce qui suggère que la divergence entre les deux virus est beaucoup plus grande que prévu.
Nos résultats suggèrent que le développement de nouvelles variations des sites fonctionnels dans le domaine de liaison aux récepteurs (RBD) de la pointe observée dans le Sars-CoV-2 et les virus du Sarp-CoVs du pangolin sont probablement causés par des mutations et la sélection naturelle en plus de la recombinaison.
Les analyses génétiques des populations de 103 génomes du Sars-CoV-2 ont indiqué que ces virus ont évolué en deux types principaux (désignés L et S), qui sont bien définis par deux SNP différents qui montrent une liaison presque complète entre les souches virales séquencées à ce jour. Bien que le type L (∼70 %) soit plus répandu que le type S (∼30 %), le type S s'est avéré être la version ancestrale. Alors que le type L était plus répandu dans les premiers stades de l'épidémie à Wuhan, la fréquence du type L a diminué après début janvier 2020. L'intervention humaine peut avoir exercé une pression sélective plus sévère sur le type L, qui pourrait être plus agressive et se propager plus vite. En revanche, le type S, qui est évolutivement plus ancien et moins agressif, pourrait avoir augmenté en fréquence relative en raison d'une pression sélective relativement plus faible. Ces résultats soutiennent fortement le besoin urgent de poursuivre des études approfondies immédiates qui combinent des données génomiques, des données épidémiologiques et des enregistrements de graphiques des symptômes cliniques des patients.

Liens utiles

Appli du manuel pratique d'oncologie de Gustave Roussy
Rubrique Covid-19 : Critères de transfert en réanimation oncologique – Parcours de soins – Prise en charge traitement Covid-19.

Technique du prélèvement rhino-pharyngé
Étape essentielle pour la réalisation du test Covid-19 - Source : Vidéo 4 mn - Nicole Guiso, Grégory Doré (Pasteur), Michel Boucherat, France de La Rocque (Association ACTIV)

Effets potentiels des coronavirus sur le système cardiovasculaire
Source : JAMA – 27 mars 2020 + Conseils Fédération Française de Cardiologie

Clinical characteristics of 113 deceased patients: retrospective study
Source : BMJ - 26 mars

Connaître le virus Sars-CoV-2
Source : EHESP – Vidéo 3 mn -  12 mars 2020

Coronavirus : la mutation continue
Source : France Culture - Podcast 5 mn, Nicolas Martin

Première chronologie de l’émergence du Covid-19
Source : Collège de France - Pascal Marichalar

Coronavirus - Statistiques en temps réel par pays
Source : Eficiens + Institutions Nationales + Tableau de bord France

Anticovid - Open access platform
Source : inato – Moteur de recherche sur Covid-19

Cette newsletter est éditée par Gustave Roussy, sous la direction éditoriale du Pr Fabrice Barlesi et avec la coordination du Dr Antoine Crouan.

► Lire les autres Covid-19 News